Hallo Acroncita,
Erst einmal ist es völlig normal, dass Deine Zitrönchen sich (noch) nicht spontan verzweigen. Es fehlt einfach an Licht. Im Sommer oft und jetzt im Winter sowieso. Die Pflanze möchte also so schnell es geht nach oben wachsen, um ihrer Meinung nach ans Licht zu kommen. Eine Verzweigung zum jetzigen Moment wäre für die Pflanze Ressourcen Verschwendung.
So weit, so gut.
Wie Du schneidest, hängt vom gewünschten Ergebnis ab. Möchtest Du später einen Zitronen-Busch, oder soll es ein Baum werden?
Busch: schneide am Ende des Winters (Mitte Ende März) einfach eine handbreit über der Erde ab. Fertig.
Baum: nutze die Tendenz zum unverzweigten Längenwachstum, um möglichst schnell die von Dir gewünschte Stammhöhe zu erreichen. Ich persönlich finde etwa 1m bis 1,20m optisch ansprechend ("Baum") und er passt trotzdem noch durch die Tür zum Winterquartier. Aber das ist persönlicher Geschmack.
Ist die gewünschte Höhe erreicht, kappst du dort, wo die Verzweigung einsetzen soll.
Persönlicher Tipp: ich meine beobachtet zu haben, je stärker (dicker) der gekappte Ast oder Stamm ist, desto üppiger ist der daraus einsetzende Austrieb. Bleistiftdünne Äste aus dem letzten Jahr bringen oft nur zwei bis drei Austriebe aus den ehemaligen Blattachseln. Stärkere Äste (fingerdick und mehr) reagieren mit einem explosiven Austrieb aus schlafenden Augen. Es schadet also nicht, wenn Du die Zitronen erst mal stärker (und damit auch höher) werden lässt, bevor du kappst.