Ja man kann in Etappen trocknen.Besser ist es sicher den Trockenvorgang in einem Stück durchzuziehen.
Ich kenne mich der Stufeneinteilung Deines dörrapparates natürlich nicht aus...aber Kräuter sollte man n icht üner 50 Grad trocknen,besser sind "nur" 40 Grad.
Wichtig bei dieser hohen Luftfeuchtigkeit ist die Kräuter und Blüten nach dem Abkühlen zügig in luftdicht verschlossene Behälter zu verschließen.Sonst können sie aus der Luft wieder Wasser aufnehmen und schimmeln.
Für Deine Basilikumfrage guckst Du am Besten mal hier :
http://www.hausgarten.net/gartenforum/kraeutergarten/24548-basilikum.html