Dazu müsste man wissen, welche Schlagfestigkeit Du bestellt und ob Du diese auch wirklich bekommen hast. 
Ich würde die Firma schriftlich zur Mängelbeseitigung auffordern und dabei ganz deutlich erklären, dass Dir zugesichert wurde, dass die Früchte des (seit Jahren vorhandenen und für die Handwerker deutlich sichtbaren) Nussbaum für das verbaute Dach keine Gefahr darstellt.
Dann ist die Firma erstmal wieder am Zug.

Ich würde die Firma schriftlich zur Mängelbeseitigung auffordern und dabei ganz deutlich erklären, dass Dir zugesichert wurde, dass die Früchte des (seit Jahren vorhandenen und für die Handwerker deutlich sichtbaren) Nussbaum für das verbaute Dach keine Gefahr darstellt.
Dann ist die Firma erstmal wieder am Zug.