Ich setze seit Jahrzehnten Steckzwiebel und jedes Mal gibt es ca. 5-10%, die nach einer oder 2 Nächten umgedreht, also mit den Wurzeln nach oben, auf dem Beet oder daneben liegen. Ich habe lange Zeit die Amseln im Verdacht gehabt, aber die sind es offenbar nicht. Toteles Abdecken des Beetes hilft nicht. Es sind wahrscheinlich doch eher irgendwelche Würmer, die an den Keimlingen ziehen. Erwischt habe ich noch nie ein Tier dabei. Menschen scheiden bei mir als Täter definitiv aus.
Mein Rat: die "Löcher" mit den herausgezupften Zwiebeln wieder anfüllen, also Zwiebel wieder einsetzen. Angießen, zu 3/4 in die Erde drücken und hoffen. Wenn einmal die Keime heraußen sind, ist Ruhe.
PS: Schon meine Schwiegereltern haben das gleriche Phänomen beobachtet und auch nicht gewusst, wer es wirklich ist. Sie hatten Würmer im Verdacht.