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Höchstwahrscheinlich ist es ein Pilz. Pilze der Gattung Puccinia befallen vorzugsweise Lauchgewächse und bilden die typisch rostartigen Symptome.
Ob Du ihn essen willst hängt von dir ab. Im menschlichen Körper wird der Rost nicht viel ausrichten, da er es mit der Magensäure zu tun bekommt Wenn die Rostflecken weggeschnitten werden können, solltest du ihn trotzdem genießen können.